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Korean Collection for Type Cultures

KCTC에서는 일반자원 분양과 특허자원 분양 서비스를 제공 합니다.

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분양




  KCTC Genome-Based Search (KGBS)

본 서비스는 KCTC의 박테리아 게놈 데이터를 기반으로 사용자가 입력한 단백질 또는 핵산 서열과 기능적으로 유사한 미생물 자원을 찾아주는 게놈 서열 기반 검색 시스템으로 NCBI GenBank의 공공 유전체 데이터와 KCTC 균주 정보를 연동하여, 유전체 수준의 정밀 비교를 수행합니다.

사용자는 FASTA (Protein/Nucleotide) 형식의 서열을 입력해, Many-against-Many sequence searching (MMseqs2) 기반의 초고속 서열 검색을 통해 유사한 박테리아 유전체를 탐색할 수 있습니다.

(주의: 입력 서열의 길이, e-value, matching seqs 등에 따라 검색 소요시간이 길어질 수 있습니다.)


Input gene sequence (nucleotide or protein seq.)  



e-value limitation:  
maximum number of matching seqs.:  
• E-value < 10e-100 Identical sequences. You will get long alignments across the entire query and hit sequence.
• 10e-100 < E-value < 10e-50 Almost identical sequences. A long stretch of the query protein is matched to the database.
• 10e-50 < E-value < 10e-10 Closely related sequences, could be a domain match or similar.
• 10e-10 < E-value < 1 Could be a true homologue but it is a gray area.
• E-value > 1 Proteins are most likely not related

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